Grænsen er 2500 kilometer lang, og i årtier har alle - både talibanere og hippier - kunnet passere forholdsvist frit gennem området.
Men nu har Pakistan planer om at bygge en grænsebarriere - et pigtrådshegn på op mod tre meter højt.
Den afghanske regering er imod projektet og siger, at hegnet vil splitte familier og venner i hele det såkaldte klanområde, hvor grænserne blev tegnet af briterne i 1893.
Pakistans militær anslår, at det vil koste omkring 56 milliarder rupier (omkring 3,4 milliarder kroner) at bygge barrieren, som også omfatter 750 grænsestationer og højteknologisk overvågning.
- Hegnet er et paradigmeskift. Det er indvarslingen af en ny epoke, når det gælder grænsekontrol, siger den pakistanske generalmajor Nauman Zakaria i landsbyen Angoor Adda i bjergene i Syd Waziristan.
- Ikke en tomme af den internationale grænse vil være uden overvågning, siger generalmajoren.
Pakistans militær har indtil videre fået opført omkring 43 kilometer af grænsebarrieren. Det ventes, at landet vil rekruttere titusindvis af nye soldater til at bemande den.
Det er ikke kendt, hvor lang tid det ventes at tage at opføre hele grænsehegnet.
Gulab Mangal, som er guvernør i den østlige afghanske provins Nangarhar, siger til nyhedsbureauet Reuters, at hegnet vil skabe "mere had og mere fjendskab" mellem de to nabolande.
- Hegnet vil skabe mange problemer for alle dem, som bor i området på begge sider af hegnet. Men ingen mur og intet hegn kan adskille disse klaner, siger han.
Pakistan siger, at militante fra det pakistanske Taliban har gennemført en række angreb i Pakistan fra baser inde i Afghanistan.
Afghanistans regering beskylder til gengæld Pakistan for at holde hånden over ledende medlemmer af det afghanske Taliban, som bekæmper det provestlige styre i Kabul.
Pakistans tidligere forsøg på at opføre en grænsebarriere for omkring ti år siden slog fejl, og mange tvivler på, at det er muligt at sikre en så lang grænse.
/ritzau/Reuters