Robert Gates har bedt om køreplanen i tilfælde af, at den nye præsident Barack Obama forlanger en afvikling af fængslet kort efter sin tiltræden 20. januar.
En arbejdsgruppe under det amerikanske forsvarsministerium Pentagon skal nu se på, hvordan fangerne skal flyttes på en måde, "så det amerikanske folk stadig er beskyttet".
Omkring 250 terrormistænkte fanger opholder sig stadig på i den kontroversielle fængselslejr.
Bush-regeringen har tidligere forsøgt at skride til handling i forhold til Guantanamo-problematikken, men kunne ikke løse spørgsmålet om, hvor de tilbageholdte fanger skal være, indtil deres sager bliver afsluttet.
En lukning af Guantanamo "på en ansvarlig måde" står på Barack Obamas liste, og derfor har Robert Gates bedt om køreplanen.
Fængslet i Guantanamo blev oprettet kort efter 11. september 2001. Hundredvis af mistænkte terrorister blev efterfølgende overført til fængslet under status som 'ulovlige fjendtlige kombattanter'.
Mange af dem får nu prøvet deres sager ved civile domstole efter en skelsættende beslutning i USA's højesteret i juni.
USA's forsvarsministerium Pentagon bekræfter, at man her skal være klar til at kunne deltage i en lukning af Guantanamo, når Obama tiltræder.