Voldsomme sammenstød mellem muslimske og kristne grupper kostede i nat mindst 10 kristne livet.
De kristne, der i Egypten kaldes koptere, blev angrebet af en stor gruppe yderligtgående muslimer, kaldet salafister, der søgte at trænge ind i en kirke. Den og en anden krike blev sat i brand.
Flere hundrede mennesker blev såret.
Lene Espersen fordømmer den sekteriske vold.
"Rapporterne om voldelige angreb på to koptiske kirkesamfund i Kairo i går med mange døde og sårede som resultat giver anledning til alvorlig bekymring. Der er i den senere tid fremkommet flere og flere tegn på, at ekstreme kræfter søger at så splid mellem de to trossamfund," udtaler ministeren.
Hun opfordrer de egyptiske myndigheder til at retsforfølge dem, der har gjort sig skyldige i vold, drab og ildspåsættelse.
"Det er afgørende for Egyptens videre udvikling, at myndighederne konsekvent og hurtigt slår ned på gårsdagens uacceptable overgreb. Gør man ikke det, vil salafister og andre religiøse ekstremister opfatte det som carte blanche til at fortsætte forsøgene på at skabe konflikt og uro," siger hun.
Religiøse mindretal herunder kristne bliver i stigende omfang udsat for diskrimination, overgreb og forfølgelse, alene fordi de bekender sig til en anden tro end flertallet.
"Ud over episoderne i Egypten har vi bl.a. set overgreb på kristne grupper i Nigeria og Irak. Det har vi reageret skarpt på i EU og fra dansk side og det vil vi forsætte med," siger Lene Espersen.
10 procent af befolkningen i Egypten er kristne.
190 personer er anholdt. De vil blive stillet for en militærdomstol. Egyptens justitsminister siger, at de, der truer landets sikkerhed, vil blive mødt med en jernnæve.