Angrebet fandt sted i torsdags, og ofrene er ifølge myndighederne alle civile, oplyder de afghanske myndigheder ifølge CNN.
En talsmand for Taleban hævder, at gruppen har dræbt 27 afghanske soldater.
Episoden fandt sted i Maiwand-distriktet i Kandahar-provinsen - et farligt område styret af Taleban. Ifølge politichef i Kandahar-provinsen, Matiuallah Khan Qaneh, blev seks af ofrene fundet halshugget søndag.
Qaneh fortæller, at Taleban-medlemmene kidnappede omkring 50 passagerer, men senere løslod 10 af dem.
"Ifølge den information, som vi har, har Taleban dræbt de sidste 40 buspassagerer," siger politichefen.
Den afghanske general Zahir Azimim siger, at 31 civile er blevet dræbt, og at ingen soldater var involveret i kidnapningerne og drabene.
/Newspaq/