FC Barcelona var bagud 0-1 med 20 minutter igen og kunne øjne sæsonens første nederlag i Primera Division.
Alaves kæmpede med næb og klør, men da Luis Suarez første udlignede, kunne Lionel Messis klasse ikke holdes nede.
Barcelona fik tilkendt et direkte frispark seks minutter før tid, og Messi luntede mod bolden.
Argentineren fyrede den derefter i nettet til 2-1, som blev kampens resultat.
Dermed er Barcelona stadig ubesejret i ligaen og topper med 57 point, hvilket er 11 point mere end Atlético Madrid har på andenpladsen.
Philippe Coutinho var for første gang med i startopstillingen hos Barcelona, efter at den 25-årige brasilianer fik debut for nogle dage siden i den spanske pokalturnering.
Det blev ikke nogen stor kamp for Coutinho, der leverede en skuffende indsats og blev skiftet ud efter 65 minutter.
Den tidligere Liverpool-spiller kunne forinden sammen med det øvrige Camp Nou dog blot kigge måbende til, da Alaves efter 23 minutter satte et effektivt kontraangreb i gang.
Bolden blev hurtigt flyttet frem på banen og endte hos svenske John Guidetti, der stort set fra midterlinjen løb ned og bankede bolden i mål og Alaves foran 1-0.
Barcelona formåede ikke at ændre på stillingen i de første 45 minutter, og derfor gik gæsterne til pause med den overraskende 1-0-føring.
Alaves holdt stand de første 15 minutter af anden halvleg med en kompakt defensiv, der hele tiden fik clearet Barcelonas optræk til chancer.
Det kunne være blevet 2-0, da Guidetti med en fornem pasning spillede Ibai Gomez helt fri, men angriberne blev stoppet, inden det blev rigtig farligt.
Luis Suarez blev spillet igennem af Lionel Messi efter 67 minutter, men angriberen fik drejet bolden forbi mål.
Paulinho sled sig igennem og boksede næsten med benene i et desperat forsøg på at udligne, men det var Suarez, der sørgede for, at Barcelona undgik den helt store ydmygelse.
Efter 71 minutter vred Andrés Iniesta sig fri i venstre side og smed bolden ind til Suarez, som fra en spids vinkel bankede den i mål til 1-1.
Suarez fik mulighed for at score igen ved indgangen til de sidste ti minutter, men uden held.
I stedet blev det Messis klasse, der afgjorde kampen, da argentineren sparkede bolden i mål på det direkte frispark.
/ritzau/