Allerede efter syv minutter lykkedes det hjemmeholdets Rawez Lawan at sende bolden ind bag Lasse Heinze i Silkeborg-målet.
Silkeborg var ellers startet bedst, men nordsjællænderne var mere effektive foran mål.
Efter 24 minutter er det Stephan Petersen, der med et flot spark sender bolden i kassen via indersiden af stolpen.
I overtiden slår Martin Bernburg sejren fast med sit mål til 3-0.
FC Nordsjælland havde inden kampen kun spillet to kampe i SAS Ligaen pga. ulykken med Jonathan Richter.
Med sejren er holdet oppe på syv point, ligesom AGF, men ligger nummer et i kraft af en bedre målscore.