Tyskerne vandt 2-1 over de forsvarende italienske mestre og tager dermed tredjepladsen i gruppen, der giver adgang til næste års UEFA Cup-runder.
Inter var allerede videre, og der var da også motivationen til forskel på de to hold, da Werder skulle bruge en sejr for at passere Anorthosis og tage tredjepladsen.
Claudio Pizarro sparkede hjemmeholdet i front midt i anden halvleg, mens svenskeren Markus Rosenberg øgede til 2-0. Kort før tid pyntede Zlatan Ibrahimovic på resultatet.
Daniel Jensen fik comeback efter en længere skadespause, da han kom på banen i tillægstiden.
Resultat betyder, at Inter må tage til takke med andenpladsen i gruppen, da Panathinaikos hjemme vandt 1-0 over Anorthosis og dermed snuppede førstepladsen.