Manchester United angriberen plantede bevidst sin støvle på Kasper Risgårds brystkasse i Champions League kampen forleden på Old Trafford.
Den franske dommer Laurent Duhamel overså forseelsen, der burde have udløst direkte rødt kort, men nu skal Uefa tage stilling til episoden på baggrund af tv-billeder.
Det oplyser fodboldforbundet fredag.
Kasper Risgård siger, at han ikke ved, hvad der skete, men at Rooney stemplede ham på brystet.
"Alle andre steder end på Old Trafford ville det give rødt kort," siger Risgaard ifølge BBC.
Hvis Rooney idømmes karantæne, må han formentlig se til fra sidelinjen, når Manchester United i februar spiller ottendedelsfinaler i Champions League.