Skotland kunne med en sejr over Slovenien sikre sig to playoffkampe i november, men da kampen endte 2-2, kommer Skotland nu ikke til VM i Rusland.
Slovakiet og Skotland har begge 18 point, men Slovakiet tager andenpladsen i gruppe F på grund af bedre målscore og skal nu spille playoffkampe.
Skotland kom ellers foran mod Slovenien efter 32 minutter på en scoring af Celtic-spilleren Leigh Griffiths, men i anden halvleg tog slovenerne og Roman Bezjak skeen i den anden hånd.
I det 52. minut scorede Roman Bezjak til 1-1, og 20 minutter senere var Bezjak igen på spil, da han bragte Slovenien foran 2-1.
I det 88. minut udlignede Skotlands Robert Snodgrass til 2-2, som også blev kampens resultat.
Slovakiet havde besøg af Malta i den samme gruppe, og slovakkerne tog en overbevisende sejr på 3-0. Det betyder, at Slovakiet nu er klar til at spille to playoffkampe i november i forsøget på at komme til VM i Rusland i 2018.
England var inden lørdagens kamp mod Litauen sikret førstepladsen i gruppen, og englænderne vandt kampen 1-0.
/ritzau/