Manden var mistænkt for at have bygget bomben, som hans kone brugte i et selvmordsangreb.
Russisk militær satte hårdt ind i kampen mod terrorister i det nordlige Kaukasus lørdag.
Ifølge det russiske antiterror-agentur blev fem personer dræbt i en landsby i Dagestan-provinsen, der ligger i det sydlige Rusland.
En af de dræbte var den eftersøgte Dmitri Sokolov, der har været jaget af russiske myndigheder siden 2012, og han var mistænkt for at have lavet bomber og organiseret flere selvmordsangreb. Senest i oktober, hvor en kvindelig selvmordsbomber, som var Sokolovs kone, sprængte sig selv i luften i en bus. Ifølge russiske myndigheder havde Sokolov indrømmet, at han havde bygget bomben til sin kone.
En kvinde og et barn fik lov til at forlade huset, som de russiske styrker havde omringet, men Sokolov og fire andre personer nægtede at overgive sig.
Ruslands myndigheder har særligt fokus på bekæmpelse af terror i området, ikke mindst fordi sikkerheden skal være på plads inden vinter-OL i Sochi i februar.