Besiktas så længe ud til at skulle få ét point med fra tirsdagens Champions League-opgør på Inonu stadium i Istanbul, men i det 77. minut slog Paul Scholes til.
På en ripost efter et forsøg fra Nani sikrede han sidste års CL-finalist tre point i den svære udebanekamp.
Forinden havde manager Alex Ferguson valgt at indskifte Michael Owen til fordel for Wayne Rooney.
Paul Scholes erkendte, at englændernes spil ikke havde været det bedste.
"Men en sejr er en sejr," sagde den rutinerede midtbanespiller efter kampen.
I den anden kamp i gruppen vandt de tyske mestre fra Wolfsburg 3-1 over CSKA Moskva.