Tyrkisk politi foretog natten til mandag omkring 60 aktioner mod grupper, der mistænkes for at planlægge større terrorangreb.
I en lejlighed i Bostanci-distriktet blev en leder af en gruppe, der forbindes med det kurdiske arbejderparti PKK, dræbt ligesom en politimand og en uskyldig civil person.
Politiet har anholdt 40 personer, heriblandt 11, der menes at være medlemmer af de Revolutionære Hovedkvarterer, skriver BBC.
"Det er en venstrefløjsgruppe, der har forbindelse til separatistgruppen," siger den tyrkiske indenrigsminister Besir Atalay med henvisning til PKK.
Han oplyser, at gruppen tidligere har angrebet miltære mål og et kontor, der tilhører Tyrkiets herskende parti, AK.
Istanbuls guvernør Muammer Guler siger, tre politimænd blev såret, da en granat, kastet af en militant person, eksploderede i nærheden af lejligheden i Bostanci-distriktet.
En civil person, der stod uden for bygningen, døde efter skud i hovedet.