Præsidenten for Japans Olympiske Komité (JOC), Tsunekazu Takeda, træder tilbage.
Meldingen kommer samtidig med, at han undersøges for korruption i forbindelse med OL-værtskabet i 2020.
Samtidig trækker Takeda sig også som medlem af Den Internationale Olympiske Komité (IOC).
IOC og franske myndigheder undersøger i øjeblikket, om Takeda har været indblandet i en sag om korruption.
Efterforskerne mistænker Japan for bestikkelse i forbindelse med tildelingen af værtskabet for OL i 2020.
Takeda nægter at have gjort noget ulovligt og kalder det sin egen beslutning at træde tilbage.
Han fortæller, at han trækker sig, når hans periode til sommer udløber, fordi det fremadrettet er i Japans Olympiske Komités bedste interesse.
- Jeg vil overlade fremtiden i IOC til en yngre generation inden legene i Tokyo i 2020.
- Når min periode udløber i juni, træder jeg tilbage som formand for JOC og som medlem af komitéen (i IOC, red.), siger 71-årige Takeda ifølge AP.
Ifølge AP har Takeda bekræftet at have betalt to millioner dollar til konsulentfirmaet Black Tidings fra Singapore, inden sommer-OL skulle tildeles et værtsland. Firmaet er ledet af forretningsmanden Ian Tong Han.
Det kan være problematisk af flere årsager, skriver AP.
Franske myndigheder har nemlig afsløret en forbindelse mellem Black Tidings og senegaleseren Papa Massata Diack, en af det tidligere IOC-medlem Lamine Diacks sønner.
Lamine Diack er ifølge AP vurderet til at have haft stor indflydelse på de olympiske stemmer i Afrika.
I 2013 stemte IOC-medlemmerne på Tokyo, der vandt budkrigen foran byerne Madrid og Istanbul.
Afgående Takeda afviser at have været involveret i beslutningsprocessen op til den afstemning, og han ser intet forkert i have lavet en kontrakt med det omtalte konsulentfirma.
Korruptionssagen omfatter også det japanske reklame- og marketingfirma Dentsu, som har hjulpet de japanske OL-arrangører med at hente tre milliarder dollar i lokale sponsorater, skriver AP.
Dentsu har bekræftet, at firmaet rådgav de japanske OL-arrangører til at ansætte konsulenter forud for tildelingen af sommerlegene i 2020. Ian Tong Han var en af de konsulenter, som Dentsu anbefalede.
Den Japanske Olympiske Komité skriver i en rapport på 50 sider om budprocessen, at JOC i tæt samarbejde med Dentsu fandt frem til, at Ian Tong Han var en ekstremt kompetent konsulent.
Det er uklart, om Dentsu er en del af de franske myndigheders efterforskning.
OL i Tokyo begynder 24. juli næste år.
/ritzau/