Det er den islamistiske gruppe al-Shahab, der har taget havnen uden kamp, efter at regeringsvenlige militser forlod den natten til onsdag, skriver CNN.
Merka, der ligger godt 90 km syd for Somalias hovedstad Mogadishu, er et vigtigt strategisk punkt i Somalia, da meget af fødevarehjælpen til det uroplagede land lander her.
Omkring 850.000 mennesker brødfødes ifølge FN af nødhjælpen, der distribueres via Merka.
Erobringen af havnen kommer efter, at oprørerne indtog den sydligere beliggende havneby Kismayo i august.
Somalia har været ramt af interne konflikter siden 1991. Regeringen bekæmper nu en gruppe muslimske fundamentalister, der vil gøre det østafrikanske land til en islamisk stat.
Over tre millioner mennesker, omkring halvdelen af Somalias befolkning, vurderes af FN at have akut behov for mad og medicin.
-Newspaq