Ellers formstærke Dortmund var torsdag tæt på en overraskende exit fra fodboldens Europa League allerede i 16.-delsfinalen.
Først syv minutter før tid udlignede det tyske storhold til 1-1 ude mod Atalanta og undgik dermed med nød og næppe at falde på reglen om flest scorede mål på udebane.
Dortmund vandt det første opgør mod Atalanta med 3-2 i Tyskland.
I det første opgør sad den danske angriber Andreas Cornelius på Atalanta-bænken i samtlige 90 minutter.
Også i returopgøret i Bergamo var den store frontmand i skuret på sidelinjen fra kampens start, hvor forsvarsspilleren Rafael Toloi efter 11 minutter skubbede en nedfaldsbold efter hjørnespark over stregen.
Efter 27 minutter fik Bryan Cristante en god mulighed for at fordoble hjemmeholdets føring, men headede forbi.
Efterhånden som kampen skred frem, fik Dortmund bedre fat.
Men selv om både André Schürrle, Mario Götze og Marco Reus lå bag frontmanden Michy Batshuayi, efterlod det målsøgende spil meget tilbage at ønske, og ti minutter før tid brændte Atalantas Alejandro Gomez en kæmpe omstillingsmulighed for at lukke kampen.
Kort efter udlignede venstrebacken Marcel Schmelzer efter en stor fejl af værternes målmand, Etrit Berisha.
Først derefter blev Andreas Cornelius sendt i aktion. Han kom ikke til afslutning.
Dortmund nåede i den seneste sæson kvartfinalen i Champions League og ligger på Uefa-ranglisten for klubhold på niendepladsen, mens Atalanta er helt nede som nummer 92.
Dortmund har ikke tabt i Bundesligaen siden starten af december, og den tidligere mester er kravlet op på andenpladsen.
Atalanta ligger nummer otte i Serie A.
/ritzau/