Fiaskoen lurede efter 0-1 på hjemmebane mod Flora Tallinn, men Brøndby fik i udekampen omsat overtag i spil og chancer til en sikker sejr på 4-1.
Dermed er Kent Nielsen og hans tropper videre i kvalifikationen til Europa League, som i denne sæson har afløst UEFA Cuppen.
Efter en lidt nervøs start fik Brøndby hul på bylden, da Ousman Jallow headede sit hold i front efter 28 minutter. Alexander Farnerud fulgte op med en scoring, der mindede om den første.
I begge tilfælde var Michael Krohn-Dehli arkitekten bag. Lige inden pausen øgede Samuel Holmen til 3-0 og fjernede den sidste rest af spænding.
Det estiske hjemmehold fik med et flot langskud reduceret til 1-3, men i kampens døende minutter kunne Jan Kristiansen i helt fri position score kampens sidste mål efter oplæg fra Nicolaj Agger.
Den kærkomne sejr kommer efter en turbulent uge i Brøndby, hvor direktør Hermann Haraldsson er blevet fyret.
Senere i aften skal AaB forsøge at spille sig videre i samme turnering på udebane mod Slavija Sarajevo.
Nordjyderne har ikke noget misundelsesværdigt udgangspunkt, da første kamp i Aalborg sluttede med skuffende 0-0.