Calderon skal angiveligt have fyldt en generalforsamling med falske delegerede for at få klubbens årsregnskab godkendt.
Onsdag fortalte Calderon, at han havde fyret to af sine nærmeste ansatte, men at han ikke selv ville trække sig.
Men nu forlyder det, at medlemmer af Real Madrids bestyrelse har tvunget ham til at trække sig.
Vicepræsident Vicente Bolunda står klar til at overtage klubben, når Calderons afsked er bekræftet, skriver Sky Sports.
Den 57-årige Calderon blev valgt til præsidentposten i 2006 efter Florentino Perez. Calderon har allerede tilkendegivet, at han ikke ville stille op igen, når hans mandat udløber i 2010.