Den tyrkiske udenrigsminister Mevlüt Cavusoglu har fredag valgt at rejse hjem fra den internationale sikkerhedskonference i München i protest over gæstelisten.
Han vil ikke deltage i møder med en israelsk delegation, lyder forklaringen.
Forholdet mellem Israel og Tyrkiet er fortsat spændt efter en diplomatisk konflikt i 2010, da israelske soldater dræbte ni tyrkere, som var med på en tyrkiskledet humanitær hjælpemission til Gazastriben.
- Det var min plan at deltage i konferencen, men vi har besluttet ikke at deltage, da den israelske delegation i sidste øjeblik sendte en tilmelding til en session om Mellemøsten, siger Cavusoglu under en pressekonference i Berlin.
Afbuddet til konferencen har intet at gøre med Tyrkiets forhold til Tyskland, slår han fast i en kommentar til tyrkisk stats-tv TRT.
Selvom Tyskland og Israel er handelspartnere og tidligere allierede har de ofte diplomatiske skænderier.
Sikkerhedskonferencen afholdes i den sydtyske by München fredag og lørdag.
Tyrkiets præsident, Recep Tayyip Erdogan, udtalte sidste år i et kontroversielt udfald mod regeringen i Jerusalem, at israelerne agerer som Hitler.
I januar fortsatte premierminister Ahmet Davutoglu den linje ved at sammenligne den israelske premierminister Benjamin Netanyahu med de islamister, som dræbte 17 personer i Paris fra 7. januar og nogle dage frem.
Hans argument var, at begge parter begik forbrydelser mod menneskeheden.
/ritzau/Reuters